Et qui dies boni quique incommodi essent, distinguente bulla notabantur.
Et quels étaient les bons jours et lesquels (étaient) fâcheux, cela était noté par des boules différentes.
Non, il ne s’agit probablement pas d’une interrogative indirecte, qui dépendrait de NOTABANTUR;
Il faut plutôt construire de la façon suivante :
On notait par des boules différentes les jours QUI étaient susceptibles d’êtres bons et les jours QUI étaient susceptibles d’être fâcheux.
La relative est au subjonctif car il y a incertitude sur le nombre et la répartition desdits jours.
De même, on dira en français : Je cherche une maison qui ait cent fenêtres
-> je ne suis pas sûr que cette maison existe
